Orgeln är en fullständig rekonstruktion av det instrument som 1608 sattes upp av orgelbyggare Paul Müller. Under sina dryga 150 år i kyrkan utvecklades orgeln av dåtidens mest kända orgelbyggare och under andra halvan av 1600-talet nådde den sin kulmen med tre manualer och pedal. Bland annat spelade de kända organisterna Düben på instrumentet i sin tid i Tyska kyrkan.
På 1700-talets andra hälft såldes orgeln och flyttades till Norrbotten. Väl på plats i Tornedalen delades instrumentet i två delar. Huvudverket placerades i Övertorneå medan ryggpositivet monterades upp i Hedenäset.
1989 installerades professor Hans-Ola Ericsson vid Luleå tekniska universitet/ Piteå musikhögskola. Hans vision var att återförena dessa två instrument till sin forna 1600-tals glans. Men orglarna i Övertorneå och Hedenäset är för värdefulla 1700-tals instrument för att ändras. Därför beslutades att bygga en fullständig rekonstruktion. Denna uppfördes i Norrfjärdens kyrka utanför Piteå.
Efter ett par år fick Tyska kyrkan en donation som möjliggjorde att orgeln åter fick klinga i sin ursprungliga miljö i Gamla stan, Stockholm. Sedan 2004 står en nybyggd kopia av orgeln på sidoläktaren och klingar på samma sätt som för 400 år sedan.
